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https://rinacional.tecnm.mx/jspui/handle/TecNM/2495| Title: | Análisis genómico in sílico y clonación de una hidrolasa de Brevibacillus thermoruber HT42 |
| Authors: | Vázquez Tinajero, Norberto Daniel |
| metadata.dc.subject.other: | ANALISIS GENETICO in sílico, CLONACIÓN HIDROLASA |
| Issue Date: | 2017-06-01 |
| Publisher: | Tecnológico Nacional de México |
| metadata.dc.publisher.tecnm: | Instituto Tecnológico de Veracruz |
| Description: | Brevibacillus thermoruber HT42 fue aislado en el laboratorio de Bioquímica de la UNIDA en 2013 (M.C María Teresa Modad Reyes) de una muestra de piedra de tepezil de la zona geotérmica de Los Humeros, Puebla. Del análisis de la secuencia del gen del 16s rRNA se determinó que la cepa pertenece a la especie Brevibacillus thermoruber (98 % similitud). Se han reportado diversas aplicaciones de las bacterias del género Brevibacillus, como huésped en la producción de proteínas recombinantes heterólogas, en la biodegradación de sustancias contaminantes, la producción de exopolisacáridos surfactantes, y la síntesis de enzimas como lipasas, proteasas, queratinasas, fosfatasas, acilasas y quitinasas. El objetivo de este trabajo fue analizar in sílico el genoma de Brevibacillus thermoruber HT42, encontrar genes para enzimas hidrolíticas, seleccionar una para clonarla y expresarla en Pichia Pastoris X33. El genoma de B. thermoruber HT42 fue secuenciado en la Unidad de Secuenciación Masiva del DNA, IBT UNAM. Se analizaron los marcos abiertos de lectura obtenidos y se eligieron aquellos que codifican para enzimas hidrolíticas. Por medio de la herramienta BLASTp del NCBI se identificó por homología la función de cada enzima y se comprobaron los dominios funcionales con la herramienta PFAM del EMBI. Se seleccionó un gen que codifica para una quitinasa, se diseñaron oligonucleótidos iniciadores y se amplificó por PCR. El gen obtenido se insertó en el vector pPICZαB (vector shuttle para E. coli y Pichia pastoris), y con él se transformó E. coli DH5α y, a continuación, Pichia pastoris X33. La producción de la quitinasa recombinante ChiBVT331 se indujo con metanol. La identidad del gen clonado se verificó por secuenciación, y la proteína se analizó por medio de SDS-PAGE. El análisis in sílico del genoma de Brevibacillus thermoruber HT42 mostró que tiene 9304 genes de los cuales 157 codifican para hidrolasas de las subclases 3.1, 3.2, 3.4 y 3.5. Posee tres genes que codifican para quitinasas. El gen de quitinasa clonado (chi331) tiene un tamaño de 1280 pb, codifica para una proteína de 429 a.a y peso molecular de 47 kDa, con una homología menor al 20 % con otras quitinasas del género Brevibacillus. Este es el primer reporte de la presencia de quitinasas en Breviacillus thermoruber |
| metadata.dc.type: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Appears in Collections: | POSGRADO |
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|---|---|---|---|---|
| 2017 Norberto D Vázquez-Tinajero.pdf | ANÁLISIS GENÉTICO Y CLONACIÓN | 1.78 MB | Adobe PDF | View/Open |
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